Fase pembengkakan otak (ensefalitis) dapat terjadi, di mana gejalanya dapat berupa kantuk, disorientasi, dan kebingungan mental yang bisa dengan cepat berkembang menjadi koma dalam 24 sampai 48 jam.

Adapun gejala awal jika terpapar virus nipah adalah sebagai berikut:

- Demam
- Sakit kepala
- Batuk
- Sakit tenggorokan