Para peneliti mengekstraksi DNA dari 10 sampel feses manusia purba dan menggunakan reaksi berantai polimerasi (PCR) untuk mengamplifikasi DNA mikroba dalam feses. Setiap sampel setidaknya mengandung satu patogen atau mikroba usus. Dua yang paling umum adalah parasit usus Blastocystis yang menyebabkan masalah gastrointestinal dan beberapa galur bakteri E.coli yang ditemukan pada 70 persen sampel. Selain itu, ditemukan cacing kremi, Shigella dan Giardia, yang menyebabkan penyakit usus.

Tingginya jumlah mikroba menunjukkan sanitasi yang buruk di antara budaya Loma San Gabriel di antara tahun 600-800 M. Hal ini mengakibatkan paparan limbah feses di lingkungan. Tim menambahkan, manusia kemungkinan besar menelan mikroba tersebut dari air minum, tanah, atau makanan yang terkontaminasi feses.

Sementara gen-gen terkait patogen ini bertahan dalam paleofeces hingga 1.300 tahun, kemungkinan ada lebih banyak patogen dalam sampel-sampel yang telah membusuk dan tidak lagi terdeteksi.