Ketika pendudukan Jepang di Hindia Belanda masuk ke Bengkalis pada tahun 1943, Al-Khairiyah ditutup dan kegiatan belajar mengajar (KBM) dibubarkan sehingga para murid dipulangkan ke daerah asalnya masing masing.

Untuk meneruskan sekolah tersebut, pada 17 Juli 1963, Zakaria mendirikan madrasah yang diberi nama Mahbatul Ulum yang berlokasi di Jalan Gerilya. 

Hingga saat ini, madrasah tersebut masih terus melaksanakan proses belajar mengajar sebagai upaya untuk meningkatkan kualitas generasi muda di Bengkalis.