Di masa awal penahanannya, Pangeran Mohammed bin Nayef ditahan di sel isolasi, dilarang tidur hingga digantung terbalik di pergelangan kakinya, menurut dua orang yang diberi pengarahan tentang situasinya yang berbicara dengan syarat anonim karena sensitivitas masalah tersebut.

Pangeran Mohammed bin Nayef disebut mengalami kerusakan permanen pada pergelangan kakinya akibat perlakuan yang ia terima selama di tahanan dan tidak bisa berjalan tanpa tongkat.

Pada Agustus 2020, kuasa hukum Pangeran Mohammed bin Nayef melayangkan kekhawatiran terkait kondisi kesehatan kliennya. Ia menuduh otoritas Saudi tidak mengizinkan dokter atau keluarga mengunjunginya sejak menjadi tahanan.

Sementara itu, di musim gugur 2021, Pangeran Mohammed bin Nayef dilaporkan dipindahkan ke sebuah vila di dalam kompleks yang mengelilingi Istana Raja Al-Yamamah di Riyadh.

Pangeran Mohammed bin Nayef dikurung sendiri tanpa televisi atau perangkat elektronik lainnya dan hanya menerima kunjungan terbatas dari keluarganya, kata sejumlah sumber.

Sampai saat ini, Pangeran bin Nayef tak pernah terlihat lagi di publik. Pemerintah Saudi juga belum mengajukan tuntutan resmi terhadap Mohammed bin Nayef atau menjelaskan mengapa dia ditahan.