5. Pemisahanan tahanan 

Kementerian HAM juga melarang adanya tahanan di kantor penyidik serta pemisahan tahanan praperadilan dan narapidana. Sebab dalam Pasal 31 tidak mengatur pemisahan tahanan praperadilan.

6. Penahanan sewenang-wenang dan kompensasi 

Keenam, ia menyorot soal penahanan sewenang-wenang dan kompensasi. Kementerian HAM menyarankan agar ditambahkan mekanisme kompensasi yang segera, efektif, dan mencakup pemulihan penuh.

7. Otoritas penahanan 

Kemudian, Mugiyanto menekankan soal otoritas penahanan, khususnya soal peran dominan pada penyidik dan penuntut.