Permasalahan ini jadi fokus utama. Habibie melakukan restrukturisasi perbankan seraya berharap Bank Indonesia makin kuat. 

Salah satu caranya mencabut aturan tersebut dan mempraktikan langsung pada bank pemerintah. Empat bank milik pemerintah digabung menjadi satu bank bernama Bank Mandiri.

Selain itu, dia juga memisahkan BI dari pemerintah lewat UU No.23 tahun 1999. Dalam otobiografinya, B.J. Habibie: Detik-detik yang Menentukan (2006), Habibie bilang kebijakan itu jadi langkah terbaik menguatkan rupiah. BI harus independen, objektif, dan bebas dari intervensi politik.

2. Kebijakan moneter ketat

Kebijakan moneter Habibie mengatasi krisis melalui penerbitan Sertifikat Bank Indonesia (SBI). SBI diterbitkan dengan bunga tinggi dengan tujuan agar bank-bank kembali dipercaya masyarakat. 

Jika ini terjadi, maka masyarakat akan kembali menabung, sehingga menurunkan peredaran uang di masyarakat.