Dengan kekuatan mata Uchiha dan sel Hashirama, Danzo malah tidak membantu Konoha ketika terjadi krisis. Waktu Nagato, Pain Akatsuki menyerang dan meluluh lantakkan Konoha. Hal itu membuat Tsunade, Hokage ke-5 terkuras cakranya dan kalah dari Pain.

Sementara Danzo diam di bawah tanah, markas persembunyian Anbu Ne. Hasilnya jelas, Tsunade sementara waktu tak bisa beraktivitas karena masa pemulihan.

Kemudian Danzo mencalonkan dirinya sebagai Hokage selanjutnya. Dengan alasan Konoha yang dalam situasi genting dan rawan diserang desa lain.