Saat para pembajak naik ke atas pesawat dan menembakkan senjata, Neerja segera meneriakkan kode tanda bahaya melalui interkom, sementara pramugari  Sherene Pavan segera memasukkan kode tersebut.
zxc2

Empat jam kemudian, pembajak meminta awak pesawat mengumpulkan paspor setiap penumpang. Neerja dengan berani menyembunyikan paspor orang-orang AS bahkan membuangnya ke tempat sampah dan toilet.

Mengklaim tidak ada orang Amerika di kapal, Neerja lantas merawat penumpangnya, menyajikan sandwich dan minuman serta menjaga mereka tetap tenang. 

Akhirnya, setelah 17 jam yang menyiksa, listrik di pesawat tiba-tiba padam. Gagal meledakkan sabuk peledak, orang-orang bersenjata itu malah menembaki koridor pesawat. Neerja Bhanot bergegas untuk membuka salah satu pintu keluar darurat dan membantu penumpang turun. Neerja tertembak saat melindungi tiga anak.

Menurut seorang yang selamat, Bhanot tidak hanya terbunuh dalam baku tembak melainkan sengaja dieksekusi. Ketika salah satu pembajak menyadari bahwa Neerja melindungi penumpang, orang-orang bersenjata segera menembaknya.