Setelah itu, utusan bernama Wilsen melalukan dokumentasi berupa gambar bangunan Candi Borobudur selama 4 tahun sejak tahun 1849. 

Dokumen foto kemudian dibuat oleh Van Kinsbergen pada 1873. 

Candi Borobudur yang sempat terkubur selanjutnya dipugar oleh pemerintah Hindia Belanda dan Indonesia pada periode yang berbeda. 

Pemugaran pertama dilakukan pada 1907-1911 yang biayanya ditanggung oleh pemerintah Hindia Belanda. 

Tujuan pemugaran difokuskan pada bagian puncak candi, yakni tiga teras bundar dan stupa pusatnya.