Mulai tahun 2025, pemerintahan Presiden Prabowo Subianto tampak mulai mengubah strategi pembangunan IKN dengan memfokuskan pembangunan lewat Otorita IKN. 

Anggaran Otorita IKN pun bertambah jadi jauh lebih besar dibanding tahun-tahun sebelumnya.

Dalam Buku Nota Keuangan dan RAPBN 2026, anggaran Otorita IKN pada tahun 2023 hanya sekitar Rp 269,7 miliar. Kemudian, di tahun berikutnya sebesar Rp 626,2 miliar. 

Di 2025 anggarannya naik pesat menjadi Rp 4,74 triliun, mayoritas anggaran digunakan untuk pengembangan kawasan strategis senilai Rp 4,31 triliun.

Di tahun 2026, anggaran Otorita IKN naik menjadi Rp 6,2 triliun. Mayoritas digunakan untuk pengembangan kawasan strategis senilai Rp 5,7 triliun dan dukungan manajemen senilai Rp 553 miliar.

Pada dokumen yang sama, anggaran IKN terpusat di Badan Otorita IKN pada APBN 2026, tidak nampak anggaran pembangunan IKN secara rinci untuk IKN pada kementerian atau lembaga lainnya dalam dokumen Nota Keuangan.