Kala itu Jusuf didakwa dengan dakwaan berlapis. Gugatan itu antara lain penyelundupan senjata dan amunisinya maupun bahan peledak berbahaya.

Lalu menyelewengkan dana revolusi senilai lebih dari Rp97 miliar.

Dalam pembelaannya, Jusuf mengatakan aksinya itu untuk mendukung aksi revolusioner Soekarno berdasarkan dukungan kabinet.

Setelah itu, dia dinyatakan bersalah oleh pengadilan dan dijatuhi hukuman mati.

Upayanya untuk banding ditolak pada 1967. Sambil menunggu eksekusi matinya, nyawanya tak tertolong lantaran terkena tetanus dalam balik penjara.